La fundó la Emperatriz Isabel, mujer de Carlos V en 1528, a la orilla derecha del Manzanares, en la altura en que, según la tradición, abrió el Santo una peña milagrosa; sobré ella se lee, en una tosca lápida, la siguiente décima, que no se recomienda ciertamente por la gracia de la dicción ni la sublimidad de los conceptos:

"¡ Oh ahijada tan divina
Como el milagro lo enseña!
Pues sacas agua de peña
Milagrosa y cristalina,
El labio al raudal inclina,
Y bebe de su dulzura,
Pues San Isidro asegura
Que si con fe la bebieres
Y calentura trujeres,
Volverás sin calentura."

En un bosquecillo que había alrededor de la fuente, hoy consagrada a San Isidro, salió a la reina Isabel I un oso que la acometió de improviso, y que la tradición asegura logró matar de un rejonazo.

En la ermita de San Isidro dio la Condesa de Olivares, en Febrero de 1637, una fiesta que se compuso, según la relación que tenemos a la vista, "de la música del Almirante de Castilla, que alegra; de la del Príncipe de Esquilache, que admira, y de la de Vicente Suárez, que pasma." Los reyes y su cortejo atravesaron el Manzanares en barcas doradas. La actual ermita, que es miserable, fue construida por el Marqués de Valero, en 1721; en torno de ella se celebra el 15 de Mayo una famosa romería.